در قرآن، مسجد به معنای اعم نیایشگاه خداوند به کار رفته است. مسجد الاقصی، که معبد یهودیان یا کنیسه بوده است و در زمان نزول قرآن کاربردی غیر از آن نداشته است، دو بار در قرآن از آن به عنوان مسجد نام برده شده است.همچنین در داستان اصحاب کهف نیز قرآن ی‌گوید بر مزار آنان مسجدی بنا کردند. این مسجد بر اساس قول غالب مورخین با توجه به دین مرسوم آن روز کلیسا بوده ست. البته ممکن است کنیسه نیز بوده باشد. ولی با توجه به قبل تر بودن از اسلام نمی‌تواند به معنی مسجد مخصوص مسلمانان بوده باشد.